L’Institution Interdépartementale est administrée par un Conseil d’Administration composé des Conseiller Départementaux représentant chacun des Départements. . Il comprend douze membres répartis comme suit :

Conseil Départemental de l’Ariège
- QUILLIEN Nicole (Présidente)
- FERRE Jean-Paul
- MIQUEL Jessica
- SOLER Jean-Michel
- TEQUI Christine
- TOMEO Alain

Conseil Départemental de la Haute-Garonne
- BOUREAU Pascal
- FABRE Jean-Michel
- HEBRARD Gilbert

Conseil Départemental de l’Aude
- CHALAVOUX Joëlle
- DEDIES Daniel
- GINIES Alain